随着“食品药品放心工程”的逐步深入开展，生物农药将呈现广阔的市场空间。预计到2005年，我国生物农药市场将达到10亿元以上。现在的生物农药的概念已扩展到用来防治病、虫、草等有害生物的生物活体及其代谢产物和转基因产物，并可以制成商品上市流通的生物源制剂，包括细菌、病毒、真菌、线虫、植物生长调节剂和抗病、虫、草害的转基因植物等。我国生物农药企业经过多年的发展，目前有30多家研究机构，约200家生物农药生产企业，50多个登记品种。目前国内的生物农药品牌产品应该首推BT杀虫剂。近年来高含量的BT杀虫剂粉剂已出口到泰国、新加坡、美国等地。我国目前已登记的BT杀虫剂。近年来，高含量的BT杀虫剂粉剂有16种、液剂12种，生产企业50多家，年产量约27吨。
目前，在国内使用的约250种农药中，高效低毒农药品种只占15%左右，甲胺磷、甲基对硫磷等发达国家早已不用或限用的剧毒、高残留农药在我国农药生产中仍占很高比例。如甲胺磷仍是我国最大的农药生产品种，年产量高达7万吨，远高于世界其他几个国家和地区的产量总和。而Bt、井冈霉素和阿维菌素为主和各类生物农药施用面积仅占病虫害防治总面积的15%左右，出售的收益所占的市场占有率更为有限，如将防治面积提高到40%左右，销售额可达20亿元。但是，无论BT杀虫剂还是其他生物农药，都存在一些缺点:药效反应较慢，不具备化学农药用量少、见效快的优点，遇到突发性和毁灭性病虫害时，更是难当重任。另外，农民普遍反映生物农药施用技术难掌握。
近来北京、上海、广州等大城市屡屡发生因食用农药残留物产重超标的蔬菜而中毒的事件。化学农药，特别是一些剧毒、高毒、高残留农药的滥用，已严重危及人们的生命安全和健康，并对环境和生态造成了污染和危害。鉴于此，有经验的人指出，尽管生物农药目前尚存在一些缺陷，但其对人畜安全，与生态相容，因而代表着农药产品的发展趋势，只要经过一段时期的研究、解决药效反应慢、使用方法复杂等难题；高效、广谱、简易、无毒的新型生物农药一旦问世，必将取代化学农药。
有关专业的人建议，一是应该从经济效益与社会效益双重角度考虑其发展前途，对生物农药的发展给予政策倾斜，加大研发资助，对企业减免税费等推动生物农药发展，面对剧毒、高毒、高残留的化学农药应该禁止或限制使用，二是企业和农技部门一起努力，加强对生物农药的技术推广，使农民能够熟练掌握生物农药的使用技术。三是能够使用生物农药与化学农药复配的生化农药、低毒高效化学农药作为过渡。四是推动资源优势整合，集成创新，在全国形成若干个既具有开发能力又能规模生产的大型生物农药企业，逐步形成多品种结构的生物农药产业高质量发展格局。