生物农药应连续使用，不但能提高蔬菜的抗病性，还能提高蔬菜产量，从根本上减少化学农药的使用。在蔬菜日常管理中，应加强活体微生物的使用，如穴施、冲施、喷施生物菌剂，可以预防各类蔬菜病虫害的发生。
病害发生后，病原菌数量多，要充分的发挥生物农药作用，还要保证使用量要足，使用间隔要短，连续3次以上，可确保其使用后就占据数量优势，更好地发挥作用。提升生物菌用量，有两种方法：一是增加微生物药剂使用量，如平时每亩冲施2袋（桶），病害发生后可以将用量加倍，但需要保证微生物药剂安全可靠，不添加激素。二是提前激活微生物药剂，提高其活性。当前，市场上的微生物药剂多数是以孢子等存在，使用后发挥作用还需要一段时间，数量也受到限制。菜农可购买专用生物菌培养基质。
生物农药在使用的过程中对温、光、水分等外因有较严格的要求，温度不高于20℃，湿度低，活性都会大大减弱。这就要求菜农在使用的过程中注意环境方面的影响，让生物农药发挥出最佳的使用效果。
芽孢萌发需要较高的湿度，因此使用生物农药后保持一定的湿度可以大幅度提高药效。如一些细菌型的微生物药剂，如果喷洒以后叶片有水膜存在，可促进细菌的分布和繁殖萌发。在大棚里，冬春季节棚内空气中水分含量往往会保持在较高水准，这恰恰给了生物农药发挥的条件。因此，在喷施药剂时务必牢牢抓住早晚露水未干的时候，以利于微生物更好地粘在叶片上，并促进芽孢繁殖，以达到最佳防治效果。
生物农药从本质上来说与致病菌属于同种生物，杀菌剂如果对有害致病菌有作用，也会对生物农药产生一定的影响。很多菜农已形成了喷洒化学药剂预防病害的习惯，觉着不喷药就防不住病虫害，即使喷了生物农药，过几天又接着喷洒化学药剂，这样反而会影响生物农药的稳定性。有益生物菌种类极多，包含放线菌、细菌等多类，并不是完全不能与杀菌剂混用，如部分细菌菌种是可以与专杀真菌的药剂混用的，而细菌类型的生物农药不要与杀细菌的化学农药混用。